MajorDoMo

попробуйте выполнить скрипт без GPIO (с одним print чего-то там). будет работать?

Да, скрипт с одной строкой print("OK") сработал.
методом try-except нашел строку, которая приводит к ошибке:
GPIO.setup(15, GPIO.OUT)

полный код такой:
#!usr/bin python

try:
import RPi.GPIO as GPIO
import time
GPIO.setmode(GPIO.BOARD)
GPIO.setup(15, GPIO.OUT)
except RuntimeError:
print("Error")
else:
print("OK")
GPIO.output(15, True)
time.sleep(0.5)
GPIO.output(15, False)
time.sleep(0.5)
GPIO.output(15, True)
time.sleep(0.5)
GPIO.output(15, False)
time.sleep(0.5)
GPIO.output(15, True)
time.sleep(0.5)
GPIO.output(15, False)
GPIO.cleanup()

GPIO.setup(15, GPIO.OUT) -стандартный код, что может быть не так?

По-прежнему через safe_exec этот код работает.

По ссылке,что я давал выше на такую же строчку ругается из-за прав доступа.
Добавьте вывод ошибки, чтобы понять, что именно не так

ошибка такая:
No access to /dev/mem. Try running as root!

так то же самое, что и тут

Права установлены:
pi@raspberrypi:~ $ ls -l /dev/mem
crw-rw---- 1 root gpio 1, 1 фев 24 11:16 /dev/mem

с правами то все хорошо. теперь осталось добавить юзера, от которого запускаются команды php, в группу gpio

Спасибо Вам огромное! Заработало!
Надо ставить права не только на файл /dev/mem, но и на папку /dev